#Quarentena – análise de componentes principais (PCA) utilizando R Dia 2

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    Segundo dia da análise de componentes principais utilizando R.

    Vamos começar carregando a biblioteca e deixando os dados de exemplo disponíveis.

    Linhas que contém o símbolo # são comentários.
    Dentro do pacote ChemoSpec existe um conjunto de dados chamado SrE.IR.
    É uma coleção contendo 14 espectros de IR de óleos essencias extraídos das espécies de palma Serenoa repens ou Saw Palmetto. Os 14 espectros são de amostras diferentes e são dividos em duas categorias: adSrE, extrato adulterado e pSrE, extrato puro. Os extratos adulterados possuem óleo de oliva. Foram incluídas ainda dois espectros adicionais como referências: um óleo chamado EPO e óleo de oliva, OO.

    Eu começo limpando o ambiente do R com o comando rm(list = ls()):

    
    # Limpar o ambiente de trabalho
    rm(list = ls())
    
    # Carregando livrarias
    library(ChemoSpec)
    
    # Carregando conjunto de dados
    data("SrE.IR")
    

    Até agora temos:

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    Uma vez carregado o conjunto de dados, você pode usar o comando

    
    sumSpectra(SrE.IR) 
    

    Que vai fornecer informações sobre os dados.
    Você vai ver que são 16 espectros, a unidade de Y é absorbância.
    A escala de número de onda do eixo x vai de 399 a 3999 cm-1. Existem 1868 valores de x, então a resolução é de 1.92 cm-1.

    São 4 grupos, adSrE, EPO, OO e pSrE.

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    O próximo passo é olharmos os espectros.
    Para plotar os espectros existem 3 comandos:
    – LoopThruSpectra (que é time consuming porque mostra 1 espectro por vez);
    – plotSpectra – que é o que eu utilizo;
    – plotSpectraJS – que é a versão interativa

    Vamos usar o comando plotSpectra, mas os outros podem ser testados depois.

    o comando plotSpectra possui alguns parâmetros que deve ser ajustados para que o gráfico fique melhor.
    o primeiro é o parâmetro main que é o título do gráfico. No nosso exemplo defini o título como a `

    
    titulo <- expression(
            bolditalic(Serenoa)~
                    bolditalic(repens)~
                    bold(Extract~IR~Spectra))
    

    que vai colocar Serenoa repens Extract IR Spectra no topo do gráfico.

    o parâmetro whichseleciona quais espectros são mostrados, no caso os espectros 1, 2, 14 e 16.
    o parâmetro yrangedefine os limites do eixo y.
    offset define o offset entre os espectros.
    e lab.pos define a posição dos nomes dos espectros.

    
    titulo <- expression(
            bolditalic(Serenoa)~
                    bolditalic(repens)~
                    bold(Extract~IR~Spectra))
    plotSpectra(SrE.IR, 
                main = titulo,
                which = c(1,2,14,16),
                yrange = c(0, 1.6),
                offset = 0.4,
                lab.pos = 2200)
    

    Então, após as definições apresentadas e o uso do comando plotSpectra, temos a seguinte figura:

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    E o código ate agora está assim:

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