#Quarentena – análise de componentes principais (PCA) utilizando R Dia 2

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Segundo dia da análise de componentes principais utilizando R.

Vamos começar carregando a biblioteca e deixando os dados de exemplo disponíveis.

Linhas que contém o símbolo # são comentários.
Dentro do pacote ChemoSpec existe um conjunto de dados chamado SrE.IR.
É uma coleção contendo 14 espectros de IR de óleos essencias extraídos das espécies de palma Serenoa repens ou Saw Palmetto. Os 14 espectros são de amostras diferentes e são dividos em duas categorias: adSrE, extrato adulterado e pSrE, extrato puro. Os extratos adulterados possuem óleo de oliva. Foram incluídas ainda dois espectros adicionais como referências: um óleo chamado EPO e óleo de oliva, OO.

Eu começo limpando o ambiente do R com o comando rm(list = ls()):

# Limpar o ambiente de trabalho
rm(list = ls())

# Carregando livrarias
library(ChemoSpec)

# Carregando conjunto de dados
data("SrE.IR")

Até agora temos:

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Uma vez carregado o conjunto de dados, você pode usar o comando

sumSpectra(SrE.IR) 

Que vai fornecer informações sobre os dados.
Você vai ver que são 16 espectros, a unidade de Y é absorbância.
A escala de número de onda do eixo x vai de 399 a 3999 cm-1. Existem 1868 valores de x, então a resolução é de 1.92 cm-1.

São 4 grupos, adSrE, EPO, OO e pSrE.

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O próximo passo é olharmos os espectros.
Para plotar os espectros existem 3 comandos:
– LoopThruSpectra (que é time consuming porque mostra 1 espectro por vez);
– plotSpectra – que é o que eu utilizo;
– plotSpectraJS – que é a versão interativa

Vamos usar o comando plotSpectra, mas os outros podem ser testados depois.

o comando plotSpectra possui alguns parâmetros que deve ser ajustados para que o gráfico fique melhor.
o primeiro é o parâmetro main que é o título do gráfico. No nosso exemplo defini o título como a `

titulo <- expression(
        bolditalic(Serenoa)~
                bolditalic(repens)~
                bold(Extract~IR~Spectra))

que vai colocar Serenoa repens Extract IR Spectra no topo do gráfico.

o parâmetro whichseleciona quais espectros são mostrados, no caso os espectros 1, 2, 14 e 16.
o parâmetro yrangedefine os limites do eixo y.
offset define o offset entre os espectros.
e lab.pos define a posição dos nomes dos espectros.

titulo <- expression(
        bolditalic(Serenoa)~
                bolditalic(repens)~
                bold(Extract~IR~Spectra))
plotSpectra(SrE.IR, 
            main = titulo,
            which = c(1,2,14,16),
            yrange = c(0, 1.6),
            offset = 0.4,
            lab.pos = 2200)

Então, após as definições apresentadas e o uso do comando plotSpectra, temos a seguinte figura:

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E o código ate agora está assim:

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